贾三近进退两难，心情十分复杂，他想到了首辅大臣一个个身后不保，想到了神宗对待臣子翻手为云、覆手为雨的恶劣作派，想到了言官一个个被治罪抄家，想到了张居正的悲惨下场。他的政治理想终于破灭了，于是他选择了退出，朝廷见贾三近不出，又连下两道圣谕，但贾三近最终还是以父母年迈，身体有病为由请辞。

贾三近因背疽发作而逝，享年59岁，贾三近殁后，朝廷赐金安葬其于峄县东南五里贾氏祖茔，于慎行受贾三近的父亲贾梦龙之托，为贾三近写了墓志铭。

综观贾三近的一生，除了在政治上是一个文韬武略的治世能臣之外，同时，由于受其祖父贾宗鲁、父亲贾梦龙的影响，其文学才能也堪称一时之冠。贾三近不仅精文学，擅诗词，并且旁及佛道，他一生著作甚丰，著有《滑耀编》、《西辅封事》、《左掖漫录》、《东掖漫稿》等，其诗散见于《明诗踪》、《明诗纪事》、《峄县志》、《滕县志》等。

关于贾三近的文学成就，还有一说，因峄县古称兰陵，贾三近的兰陵籍和他的仕途经历及个人爱好，又为他的人生蒙上了一层神秘的色彩。据今人考证，天下第一奇书《金瓶梅》的作者兰陵笑笑生，即为贾三近，原因有三条：一是贾三近为兰陵人；二是《金瓶梅》写了明朝真正的历史，而贾三近一生则历经嘉靖、隆庆、万历三朝，并且为当时大名士；三是《金瓶梅》一书所使用的方言多为峄县方言。考证者认为，贾三近著《金瓶梅》的目的是借宋喻明，一抒胸中愤懑，为隐其身份和真实姓名，遂以兰陵笑笑生为名。